• Wednesday July 17,2019

Κατηγορία - γενεσιολογία


Η προσωπική γονιδιωματική και οι σπάνιες πληθυσμοί σημειώνουν

Η προσωπική γονιδιωματική και οι σπάνιες πληθυσμοί σημειώνουν

Θα ασχοληθώ με δύο σημεία αυτής της θέσης. Ο επόμενος πιθανός στόχος για να πάρει έναν πληθυσμό χωρίς δείγματα και τα αποτελέσματα της Μαδαγασκάρης. Πρώτον, πολλές μεγάλες υποβολές σε σχέση με τους πληθυσμούς που υποχωρούν. Ορισμένα από αυτά βρίσκονται ήδη στα σύνολα δεδομένων. Για παράδειγμα, οι Burusho και Kalash βρίσκονται στο HGDP. Υπήρξε επίσης σημαντική απόρριψη δεδομένων από τους Αμερικανούς πρόσφ

Για να γεννήσουμε έναν καλύτερο άνθρωπο - έχουμε την τεχνολογία

Για να γεννήσουμε έναν καλύτερο άνθρωπο - έχουμε την τεχνολογία

Πριν από λίγα χρόνια, ο γεννητιστής της ανάπτυξης, Armand Leroi, έτρεξε στη σκηνή με το εμπνευσμένο βιβλίο Mutants και ένα αμφιλεγόμενο op-ed όπου προσπάθησε να αποκαταστήσει την έννοια της φυλής. Ο Leroi's op-ed δημιούργησε έναν ιστότοπο κατάργησης, ο οποίος συγκέντρωσε διάφορους μελετητές από διαφορετικούς κλάδους για να αντικρ

Το παρελθόν είναι μια χώρα που δεν έχει ανακαλυφθεί

Το παρελθόν είναι μια χώρα που δεν έχει ανακαλυφθεί

Ένα πρόσφατο έγγραφο στο Genome Research με τίτλο Χαλάρωση επιλεκτικού περιορισμού στο μιτοχονδριακό DNA του σκύλου μετά την εξημέρωση καταλήγει στο συμπέρασμα ότι η εξημέρωση των λύκων και ο μετασχηματισμός τους σε σκύλους διευκολύνθηκαν από χαλαρή επιλογή και αυξημένη λανθάνουσα παραλλαγή, από την οποία θα μπορούσε να λειτουργήσει η επακόλουθη επιλογή. Εδώ είναι μια καλή δημοφιλή σύνοψη Τύπου. Το βασικό εύρημα είναι ότι οι οικιακοί σκύλοι στο δείγμα τους (13 σκύλοι, 6 λύκοι και 3 κογιότες είχαν πλήρη αλληλουχία του mtDNA τους) εμφάνισαν μεγαλύτερη συσσώρευση ήπιων επιβλαβών μεταλλάξεων, κατά

Στον προγονικό αυτό ντόπιο Αμερικανό

Στον προγονικό αυτό ντόπιο Αμερικανό

Ίχνη της πρόσμειξης της Υποσαχάριας Αφρικής και της Αμερικής σε παλαιά αποθέματα Ευρωπαίων Αμερικανών: Μερικοί άνθρωποι επιθυμούν να υπερεκτιμούν την εξωευρωπαϊκή ανάμειξη σε παλιούς Αμερικανούς, ενώ άλλοι παίρνουν τη θέση ότι δεν συνέβη ποτέ. Αυτό συνέβη και μπορώ να το αποδείξω, αλλά σίγουρα όχι σε μεγάλο βαθμό, αλλιώς δεν θα κλίνω προς τα πίσω για να το βρω. Βασικά, μετά από μερικά αρχικά πειράματα, μπορώ να αναφέρω ότι τμήματα της Υποσαχάρια

Επίπεδα επιλογής - η επόμενη συζήτηση

Επίπεδα επιλογής - η επόμενη συζήτηση

Η Wired έχει μια καταχώρηση στο blog όπου αναπαράγει το κείμενο μιας ανταλλαγής μηνυμάτων ηλεκτρονικού ταχυδρομείου με τον Bert Hoelldobler, έναν entomologist που συνεργάζεται με τον EO Wilson σε ένα νέο βιβλίο που θα υποστηρίζει τη σημασία των υψηλότερων επιπέδων οργάνωσης στις εξελικτικές διαδικασίες. Στο The Collaborative Gene ο εξελικτικός βιολόγος Mark Ridley διασαφηνίζει πόσο πολυκύτταροι οργανισμοί προκύπτουν από έναν συνασπισμό γονιδίων που έχουν το ίδιο ενδιαφέρον εξαιτίας της φυλάκισής τους μέσα στο άτο

Μικτή-φυλή, αλλά ομοιογενής εμφάνιση;

Μικτή-φυλή, αλλά ομοιογενής εμφάνιση;

Πριν από μερικά χρόνια η Oprah Winfrey ρώτησε τον Tiger Woods τι θα έλεγε στους ανθρώπους που λένε ότι όταν τον βλέπουν βλέπουν έναν μαύρο άντρα. Το ζήτημα ήταν ότι ορισμένοι Αφροαμερικανοί αντιτάχθηκαν στον ισχυρισμό του Woods ότι ήταν πολυφυλετικός, Cablinasian, ο οποίος αντανακλούσε το γεγονός ότι ήταν προγονικά 1/2 Ασιάτης, 1/4 Αφρικής, 1/8 Ευρωπαίος και 1/8 Native American. Ο Woods είναι επίσης Βουδιστής Therevada από τη θρησκεία, λαμβάνοντας μετά την ταϊλανδική εθνικότητά του (αν και μικτή φυλή) μητέρα, έτσι μπορεί κανείς να υποστηρίξει ότι είναι αρκετά ασιατική πολιτιστικά. Γνωρίζω πολλο

 "omics " + (ανάλυση & in silico) = πίσω στο μέλλον

"omics " + (ανάλυση & in silico) = πίσω στο μέλλον

Λοιπόν, έχω διασκεδάσει διαβάζοντας τις θέσεις του John Hawks στον όρο «γονιδιωματική» και είμαι βέβαιος ότι ο Evolgen πιστεύει ότι είμαι λίγο πολύ απασχολημένος με τους τρεις παλιούς κακοποιούς της γενετικής του πληθυσμού. αλλά αυτό το άρθρο, το γάμο των μαθηματικών και της γενετικής προωθεί το νέο επιστημονικό τοπίο είναι αστείο, το παρελθόν είναι το μέλλον! Μετά από όλα, και οι RA Fisher κ

Οι γενετιστές είναι στενοί ** τρύπες;!;!

Οι γενετιστές είναι στενοί ** τρύπες;!;!

Πέρα από τον Greg, ο Brian Switek σημειώνει: Ευχαριστώ για τη σύνδεση Greg (και ευχαριστώ για την φιλοφρόνηση, Steve). Γενικά, δεν είμαι εντυπωσιασμένος με τα δημοφιλή άρθρα του Coyne, ειδικά δεδομένου ότι φαίνεται να βγαίνει από το δρόμο του για να επιτεθεί στο Gould και στο evo-devo όποτε το κρίνει σκόπιμο να το κάνει (κάτι που συμβαίνει κάθε στιγμή, προφανώς). Η κριτική και η διαμάχη είναι ωραία (ακόμα και αναμενόμενη), αλλά ο τρόπος με τον οποίο αντιδρά ο Coyne στην θέση του Judson ήταν λίγο σκληρός και συγκαταβατικός. Μέρος του προβλήματος, νομίζω, είναι ότι δεν φαίνεται να είναι ένας καλό

Το σύνδρομο φλεγμονώδους εντέρου είναι παρενέργεια της φύσης

Το σύνδρομο φλεγμονώδους εντέρου είναι παρενέργεια της φύσης

Την περασμένη εβδομάδα ο Luke Jostins (σύντομα ο Δρ. Luke Jostins) δημοσίευσε ένα ενδιαφέρον έγγραφο στο Nature . Για να είμαι δίκαιος, αυτό το έγγραφο έχει μια εκτεταμένη λίστα συγγραφέων, αλλά από αυτό που έχω να καταλάβω αυτό είναι ο καρπός του πρώτου συγγραφέα 's Ph.D. έργο. Εν πάση περιπτώσει, μπορεί να γνωρίζετε τον Λουκά επειδή χρησιμοποιούσα την καμπύλη του loess για την εγκυκλοπαίδεια της ανθρωπότητας εδώ και χρόνια. Το ψωμί και το βούτυρο του

1 στους 200 άνδρες άμεσους απογόνους του Genghis Khan

1 στους 200 άνδρες άμεσους απογόνους του Genghis Khan

Το 2003, ένα πρωτοποριακό ιστορικό ιστορικό γενετικής ανέφερε τα αποτελέσματα που έδειξαν ότι ένα σημαντικό ποσοστό ανδρών στον κόσμο είναι άμεσοι απόγονοι του Genghis Khan. Με άμεση γραμμή, εννοώ ότι φέρνουν Υ χρωμοσώματα που φαίνεται ότι έχουν καταρρεύσει από ένα άτομο που ζούσε πριν από περίπου 1.000

Η σημασία της αντιπροσωπευτικότητας

Η σημασία της αντιπροσωπευτικότητας

Πριν από λίγες εβδομάδες, όταν δημοσίευσα τα αποτελέσματα μιας μεγάλης πιθανότητας μερικής ανατολικής προέλευσης για τους ανθρώπους του Mundari, έλαβα μήνυμα μέσω Facebook ότι το άρθρο πραγματικά δεν ήταν σχετικό με τους περισσότερους νότιους Ασιάτες, αφού μόνο το 1-2% μίλησε μια γλώσσα Mundari (μαζί με δείκτες στα παλιά ξεπερασμένα άρθρα). Αμέσως απάντησα ότι είναι πιθανό ότι τα Mundari ήταν ένας από τους βασικούς πληθυσμούς από τους οποίους προέκυψαν οι Ινδο-Αριείς μιλώντες λαών της Βεγγάλης, της Ορίσα και του Ασσάμ. Οι Santals είναι παρούσες ως μειονότητα και στα τρία αυτά κράτη και η πιθανό

Πόσο μεγάλη πρέπει να είναι το N;

Πόσο μεγάλη πρέπει να είναι το N;

Εκτίμηση του αριθμού των αόρατων παραλλαγών στο ανθρώπινο γονιδίωμα: . Σύμφωνα με τα προηγούμενα περιγραφικά στοιχεία, τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι ο πληθυσμός της Αφρικής είναι ο πιο ποικίλος όσον αφορά τον αριθμό των παραλλαγών που αναμένεται να υπάρχουν, τους ασιατικούς πληθυσμούς οι λιγότερο ποικίλοι, με τον ευρωπαϊκό πληθυσμό μεταξύ τους. Επιπλέον, τα αποτελέσματά μας δείχνουν μια σαφή διάκριση μεταξύ των κινεζικών και των ιαπωνικών πληθυσμών, με τον ιαπωνικό πληθυσμό να είναι λιγότερο διαφοροποιημένος. Για να βρεθούν όλες οι συνήθεις παραλλαγές (συχνότητα τουλάχιστον 1%), ο αριθμός τω

Γιατί το μέλλον δεν θα είναι γενετικά ομοιογενές

Γιατί το μέλλον δεν θα είναι γενετικά ομοιογενές

Κατά την ανάγνωση των ιδρυτών της εξελικτικής γενετικής συνάντησα ένα κεφάλαιο όπου ο αείμνηστος Τζέιμς Κρόου παραδέχτηκε ότι είχε μια νέα διορατικότητα κάθε φορά που ξανάθεσε την ΡΑ Fisher 's Η γενετική θεωρία της φυσικής επιλογής. Αυτό με ώθησε να καταθέσω τους ιδρυτές της εξελικτικής γενετικής αφού ολοκλήρωσα το κεφάλαιο του Crow και πήρα το αντίγραφο μου της Γενετικής Θεωρίας της Φυσικής Επιλογής. Έχω διαβάσει π

Καφέ αρκούδα!  Πολική αρκούδα!

Καφέ αρκούδα! Πολική αρκούδα!

Οι αρκούδες είναι μεγάλη υπόθεση σήμερα. Έχω μιλήσει γι 'αυτό πριν, γι' αυτό δεν θα ασχοληθώ με το σημείο σε αυτό το post. Αντίθετα, θέλω να σας πείσω ότι υπάρχει πραγματικά ενδιαφέρουσα χαρτί στην PLOS Genetics αυτή τη στιγμή, τα γονιδιωματικά στοιχεία για τη μετατροπή του πληθυσμού των νησιών επιλύουν συγκρουόμενες θεωρίες της εξέλιξης των πολικών αρκούδων. Γνωρίζω ότι μοιάζει με μια μπουκιά και παρά το γεγονός ότι κούνησα την πραγματικότητα ότι αυτό είναι ιδιαίτερα σημαντικό εν μέρει εξαιτίας των πολιτικών ανησυχιών, το ίδιο το χαρτί κάνει την πραγματικότητα ότι πολλές φορές βρισκόμα

Ένα γονίδιο εμποδίζει τις ωοθήκες να μετατραπούν σε όρχεις

Ένα γονίδιο εμποδίζει τις ωοθήκες να μετατραπούν σε όρχεις

Στην επιστήμη, δεν μιλάμε συχνά για την καταπίεση των ανδρών, αλλά μια νέα ανακάλυψη μας δίνει μια τέτοια ευκαιρία. Αποδεικνύεται ότι οι ωοθήκες μπορούν να παραμείνουν μόνο στις ωοθήκες, καταστέλλοντας συνεχώς την ικανότητά τους να γίνουν άνδρες. Σιγουρευτείτε ένα μόνο γονίδιο και οι ωοθήκες των ενηλίκων μετατρέπονται σε όρχεις. Ότι οι ενήλικες ιστοί μπορούν να μεταμορφωθούν με αυτόν τον τρόπο θα ήταν αρκετά περίεργο, αλλά αυτό με την αλλαγή ενός

Ο μπαμπάς δεν μυρίζει σωστά

Ο μπαμπάς δεν μυρίζει σωστά

Άρωμα του πατέρα ελέγχει την ωριμότητα της κόρης. Βασικά οι συγγραφείς βρήκαν σε μια έρευνα ότι αν οι βιολογικοί πατέρες είναι γύρω, τα κορίτσια ωριμάζουν πιο αργά. Αυτό μοιάζει με το μοντέλο Harpending-Draper της απουσίας του πατέρα, αν και με κάπως πιο βιολογικό πλεονέκτημα. Οι ερευνητές προτείνουν ότι η καθυστερημένη ωριμότητα μειώνει τον κίνδυνο της αναπαραγωγής. Ειλικρινά, είμαι σκεπτικός ότι έτσι συμβαίνει, πολλά ζώα έχουν ευαισθησίες φερομονικά, οι οποίες φαίνεται να υιοθετούν

Γνωστικές μορφές στη Drosophila

Γνωστικές μορφές στη Drosophila

Φυσικός πολυμορφισμός που επηρεάζει τη μάθηση και τη μνήμη στη Drosophila : Η γνώση των γονιδίων που συμβάλλουν στη φυσική παραλλαγή στη μάθηση και τη μνήμη θα μας βοηθήσει να καταλάβουμε πώς εξελίσσονται οι διαφορές σε αυτά τα γνωστικά γνωρίσματα μεταξύ των πληθυσμών και των ειδών. Δείχνουμε ότι ένας φυσικός πολυμορφισμός στον τόπο αναζήτησης, για τον οποίο κωδικοποιείται μία εξαρτώμενη από cGMP πρωτεϊνική κινάση (PKG), επηρεάζει τη συσχέτιση της οσφρητικής μάθησης στο Drosophila melanogaster . Η δοκιμ

Νότια ιστορία των θαλασσών μέσω των γονιδίων

Νότια ιστορία των θαλασσών μέσω των γονιδίων

Έχω γράψει ένα δίκαιο ιστορικό για τη σχέση μεταξύ ιστορίας και γενετικής (βλέπε εδώ, εδώ και εδώ), τόσο ως παράμετρος στη διαμόρφωση της πορείας των γεγονότων (π.χ. ανοσολογικά προφίλ, είτε μέσω της συγχώνευσης των γονιδιακών καλλιεργειών), και ως εργαλείο στον εντοπισμό των φυλογενετικών σχέσεων μεταξύ των λαών και στην εξάπλωση των δημογραφικών λεπτομερειών. Συμβαίνει λοιπόν ότι μια εξαιρετική δημοσίευση που επικεντρώνεται στο τελευταίο βγήκε αυτή την εβδομάδα, η γενετική δομή των νησιωτών του Ειρηνικού, στην PLoS Genetics . Είναι τόσο καλό και είμαι τόσο απασχολημένος που θα σας ενθαρρύνω α

Σημειώσεις για το Sewall Wright: Μετανάστευση

Σημειώσεις για το Sewall Wright: Μετανάστευση

Ο David συνεχίζει τη σειρά του σχετικά με τη σκέψη του μεγάλου γενετιστή εξελικτών Sewall Wright. Η σημερινή θέση, Σημειώσεις για το Sewall Wright: Μετανάστευση. Πρώτον, ο γενικός: Συνεχίζοντας τη σειρά των σημειώσεών μου σχετικά με τη γενετική του Sewall Wright, έρχομαι στο θέμα της μετανάστευσης. Αυτό είναι σημαντικό στην κατανόηση των διαφορών μεταξύ Wright και RA Fisher σχετικά με το ρόλο της γενετικής ολίσθησης στην εξέλιξη. Ο Fisher και ο Wright συμφώνησαν ότι η γενετική μετατόπιση θα ήταν πο

Γενετική του χρώματος των μαλλιών

Γενετική του χρώματος των μαλλιών

Ένας αναγνώστης με έστειλε μήνυμα ηλεκτρονικού ταχυδρομείου για τη γενετική του χρώματος των μαλλιών. Δεδομένου ότι έχω συζητήσει το θέμα πριν απλώς τους επεσήμανα στο ερώτημα του θέματος στο άλλο blog μου. Αλλά, σκέφτηκα ότι θα ήταν καλό να απαντήσω άμεσα σε δύο συγκεκριμένα ερωτήματα: Γιατί πολλοί άνθρωποι έχουν πολύ πιο ελαφριά μαλλιά κατά την παιδική ηλικία; Ο ίδιος λ